Einige der erzeugten Embryonen haben nach der Behandlung keinen direkten Nutzen mehr. Das größte ethische Dilemma dreht sich hier um den Umgang und um die Verwendung der überbleibenden Embryonen. Eine Art der Verwendung ist die Kryokonservierung, hier werden die Embryonen eingefroren um sie eventuell wieder zu verwenden. Die moralischen Probleme die sie bildet sind wieder eng mit der Frage wann das menschliche Leben beginnt verstrickt. Den größten Widerstand kommt von Menschen die die Meinung der Kirche teilen, und glauben, dass das Leben bei der Konzeption beginnt. Wie lang sie eingefroren bleiben und was passiert wenn die Eltern sich trennen oder sterben sollten.